La Druga hrvatska nogometna liga 2008-2009, conosciuta anche come 2. HNL 2008-2009, è stata la 18ª edizione della seconda divisione, la terza consecutiva a girone unico, del campionato di calcio croato.
Il torneo è stato vinto dal Istria 1961 che si è garantito così la promozione in 1.HNL 2009-10. Grazie all'aumento dell'organico della massima divisione, sono state promosse anche Karlovac, Lok. Zagabria e Međimurje.Slavonac CO e Trogir sono state le squadre retrocesse.
Il capocannoniere è stato Marijan Vuka (Međimurje) con 19 reti.